De ontbossing, vervuiling en mijnbouw vormen belangrijke bedreigingen voor het Amazoneregenwoud. Volgens een recent onderzoek is de goudmijnbouw hard op weg de meest gevaarlijke ontginningsactiviteit in het Amazone te worden: daar waar een goudmijn actief is geweest, keert de vegetatie jarenlang niet terug. Daarnaast zorgt kwik, die noodzakelijk zijn voor de winning van het goud, voor geboorteafwijkingen onder mensen en dieren.
Volgens Michelle Kalamandeen, onderzoeker aan de Universiteit van Cambridge, duren de gevolgen van de ontginning van goud veel langer voort dan andere activiteiten die ontbossing tot gevolg hebben. Ze onderzocht gebieden waar ooit goudmijnbouw plaatsvond. In deze zones werd al tussen de drie á vier jaar geen goud gewonnen maar er werden geen tekenen gevonden van enig herstel van het ecosysteem: de groei van nieuwe vegetatie bleef volledig weg. De onderzoekers concluderen dat door de ontginning van goud het Amazoneregenwoud niet in staat is meer dan twee ton aan CO2 op te nemen door het verlies aan bomen.
Kwik
De grote boosdoener is kwik, die noodzakelijk is voor de winning van goud. Door de aanwezigheid van grote accumulaties van dit metaal in de grond herstelt het bos zich niet. In de onderzochte zones werd tot 250 keer meer kwik gevonden dan in gebieden waar geen goudontginning plaatsvond. Ook laat onderzoek zien dat het kwik zich verspreidt naar zones rondom het goudwinningsgebied.
Het kwik vervuilt de aarde en het water, en daarmee het voedsel van de inheemse bevolking en de dieren die in het gebied leven. Er zijn zowel bij mensen als dieren geboorteafwijkingen geconstateerd, veroorzaakt door de kwikvervuiling van het milieu.